انتخاب دشمن طبیعی؛ دشمنان طبیعی از نظر توانایی کنترل با هم متفاوتند که این تفاوت به دلیل اختلاف در خصوصیات زیستی آن‌ها است. از جمله این خصوصیات می‌توان به قدرت باروری، قدرت جستجو و فاکتورهای دیگر نیز اشاره کرد.
1) کیفیت دشمنان طبیعی؛ دشمنان طبیعی مورد استفاده برای تکثیر و رهاسازی باید عاری از بیماری و هیپرپارازیتوئیدها باشند. دشمن طبیعی انتخاب شده برای تکثیر باید دارای کیفیت مناسب باشد. جمعیت موسس انتخاب شده، برای برنامه تکثیر باید یک جمعیت سالم و قوی باشد هم‌چنین حفظ کیفیت دشمنان طبیعی در طی سالیان متمادی نیز از اهمیت فوق‌العاده زیادی برخوردار است. زیرا ورود دشمنان طبیعی به محیط بسته در واقع جمعیت آن‌ها را از یک جمعیت باز به یک جمعیت بسته تبدیل می‌کند که با گذشت چند سال احتمال کاهش تنوع ژنتیکی و هم چنین زوال ژنتیکی وجود دارد. به همین دلیل القا ژن به داخل جمعیت بصورت مرتب ضروری می‌نماید.
چگونگی القا ژن: معمولاً در برنامه‌های تکثیر بطور مرتب از جمعیت‌های وحشی گونه، به جمعیت‌های پرورشی اضافه می‌شود تا از کاهش تنوع ژنتیکی جلوگیری شود.
2) هزینه پرورش دشمنان طبیعی؛ برای موفقیت و توسعه کنترل بیولوژیک باید دشمنان طبیعی پرورش داده شده قدرت رقابت اقتصادی با سایر روش‌های کنترل آفات بویژه مبارزه شیمیایی را داشته باشند.
تعدادی از دشمنان طبیعی براحتی بر روی میزبان طبیعی خود پرورش داده می‌شوند. برای مثال کنه فیتوزیولوس پرسیمیلس (Phytoseiulus persimilis ) براحتی بر روی تترا نیکوسلتیکه و گیاه لوبیا پرورش داده می‌شود. نمونه دیگر انکارسیا فورموزا (Encarsia formosa) است که بر روی (Trialearodes vaporariorum) به سادگی تکثیر می‌یابد.
ولی در مورد بعضی از دشمنان طبیعی سیستم‌های طبیعی خیلی پر هزینه هستند. در سال‌های اخیر توجه زیادی به پرورش دشمنان طبیعی آفات گلخانه‌ای بر روی میزبان‌های مصنوعی انجام گرفته است. البته زمانی خواهد رسید که مبارزه بیولوژیک با مبارزه شیمیایی رقابت کند. کنترل بیولوژیک سه نوع مختلف دارد. در کنترل بیولوژیک کلاسیک یک دشمن طبیعی را در منطقه‌ای رهاسازی می‌کنند که برای همیشه مستقر می‌شود و جمعیت آفت را تحت کنترل در می‌آورد .در این مورد هزینه خیلی ناچیز است اما سود بالایی دارد. به این صورت که هزینه روش‌های کنترل بیولوژیک حدود یک پنجاهم مبارزه شیمیایی درمی‌آید.
3) ذخیره سازی و حمل و نقل دشمنان طبیعی؛ دشمنان طبیعی فقط در چند ماه از سال خریدار دارند. در حالیکه در طول سال باید جریان تولید دشمنان طبیعی حفظ شود. زمانی که تقاضا برای دشمن طبیعی وجود ندارد باید دشمن طبیعی را ذخیره نمود.
در مورد بعضی از دشمنان طبیعی بررسی‌هایی تاکنون انجام شده. مثلاً در مورد پشه آفیدولتوس آفیدومیزا (Aphidoletes aphidomyza) ثابت شده است که در دمای حدود یک درجه سانتی‌گراد تا مدت دو ماه حفظ می‌شود. هم‌چنین بال توری معمولی کریزوپرلا کارنئا (Chrysoperla carnea)، که برای کنترل بیولوژیک شته‌ها مورد استفاده قرار می گیرد، را می‌توان حدود 31 هفته ذخیره سازی کرد.

4) روش‌های کاربرد دشمنان طبیعی؛ زمان و نحوه‌ی رهاسازی دشمنان طبیعی در کارآیی و موفقیت آن‌ها بسیار موثر است.
روش‌های کاربرد در مورد گونه‌های مختلف دشمنان طبیعی بسیار متفاوت است. بعنوان مثال زنبور انکار سیافورموزا را بر روی کارت‌هایی می‌چسبانند. بر روی هر کارت تعداد زیادی از شفیره‌های آفت وجود دارد که پارازتیه است و داخل گلخانه‌ها به نهال‌ها و گیاهان زینتی آویزان می‌کنند. زنبورهای پارازیتوئید که خارج می‌شوند شروع به پارازتیه کردن میزبان خودشان می‌کنند. در صورتیکه بعضی از دشمنان طبیعی بوسیله هواپیما رهاسازی می‌شوند.
5) ارزیابی فرآورده بیولوژیک یا دشمنان طبیعی؛ برای اطمینان از کاهش جمعیت آفت به پایین‌تر از سطح زیان اقتصادی ارزیابی دشمنان طبیعی ضروری است. این ارزیابی می‌تواند از طریق مقایسه میزان پارازیتیسم در شرایطی که دشمن طبیعی را رهاسازی کردیم، با شرایطی که دشمن طبیعی وجود ندارد، انجام شود. از طریق مقایسه میزان پارازیتیسم می‌توان میزان کارآیی دشمن طبیعی را سنجید. هم‌چنین از طریق شمارش تعداد آفات در یک واحد سطح معین، در محلی که دشمن طبیعی استفاده شده و در محلی که دشمن طبیعی وجود ندارد نیز این کار میسر می‌شود.
بی‌خطر بودن دشمنان طبیعی، دشمنان طبیعی رهاسازی شده باید سایر موجودات مفید را مورد حمله قرار ندهند